L'élection du 5 novembre 2006 serait la dernière au cours de laquelle le Nicaragua maintenait une compétition électorale avec possibilité d'alternance. Daniel Ortega Saavedra est revenu à la présidence avec 38% des voix valables, après une campagne conditionnée par la division des forces libérales et par les règles électorales en vigueur.
Eduardo Montealegre, de l'Alliance libérale nicaraguayenne (ALN), a obtenu 29%, tandis que José Rizo Castellón, du Parti libéral constitutionnel (PLC), a obtenu 27%. La somme des deux résultats a dépassé le soutien reçu par Ortega, même si l'absence de candidature commune a laissé le Front sandiniste de libération nationale (FSLN) à la première place.
Le scrutin de 2006 a permis la participation de plusieurs forces politiques et a maintenu la querelle pour la présidence ouverte jusqu'au vote. Le résultat a favorisé Ortega sans majorité absolue, dans un scénario où les voix de l'opposition étaient réparties entre Montealegre, Rizo et d'autres candidats, selon Diario La Prensa.
Le contexte politique de cette élection était l'accord signé par Daniel Ortega et Arnoldo Alemán en 1999. L'accord prévoyait des réformes électorales qui ont bénéficié au candidat sandiniste et ont modifié les conditions de compétition.
L'accord visait également à éloigner le PLC d'une éventuelle alliance avec l'ALN, dirigée par Montealegre. Cette séparation a eu des effets sur la configuration de l'opposition avant la campagne présidentielle.

En avril 2006, le PLC a désigné José Rizo comme candidat. À cette époque, le soutien du monde des affaires était partagé entre sa candidature et celle de Montealegre.
La dispersion libérale s'est reflétée dans les sondages. Avec une liste de candidats déjà définie, une mesure de mai plaçait le FSLN avec 28,4% d'intentions de vote.
L'alliance ALN-PC arrive en queue de peloton avec 26,5%. Le PLC a enregistré 17,1% et le Mouvement sandiniste du renouveau (MRS) 14,8%.
À cette époque, Herty Lewites était candidat au MRS et représentait un concurrent inconfortable pour Ortega. Sa présence a ajouté une autre variable à une élection dans laquelle le vote contre le sandinisme était déjà réparti entre plusieurs forces.
Lewites est décédé le 2 juillet 2006, quatre mois avant l'élection présidentielle. Sa mort est survenue dans des circonstances qualifiées de troubles, selon Diario La Prensa.
Après sa mort, Edmundo Jarquín a assumé la candidature MRS. Edén Pastora, pour sa part, a concouru pour Alternative for Change.
Un sondage CID-Gallup, réalisé entre le 16 et le 19 août, place Ortega en tête avec 29% d'intentions de vote. Montealegre a obtenu 23% dans ce sondage.
L'étude indique également que 19 % des électeurs n'ont pas encore défini leur soutien. La différence entre les principaux candidats et le nombre d'indécis entretiennent l'incertitude sur l'issue du scrutin.

L'offre électorale était dirigée par Ortega, en tant que candidat du FSLN ; Montealegre, pour l'ALN ; et Rizo, pour le PLC. Jarquín a représenté le MRS après la mort de Lewites et Pastora s'est présenté pour Alternative for Change.
Le résultat officiel a donné la victoire à Ortega avec 38% des suffrages valables. Montealegre est arrivé deuxième avec 29 % et Rizo a terminé troisième avec 27 %.
Jarquín s'est classé quatrième avec 6% des voix. Pastora a obtenu moins de 1%.
La répartition des voix a montré que les deux principaux candidats libéraux se sont affrontés séparément. L’absence de formule commune a empêché ce secteur de concentrer son soutien contre Ortega.
Le leader sandiniste a accédé à la présidence le 10 janvier 2007. Son retour a clôturé le cycle commencé avec la défaite du sandinisme aux élections de 1990.

Après son entrée en fonction, Ortega a progressé dans le contrôle des institutions électorales. Ce processus a réduit les conditions des élections ultérieures pour offrir une concurrence avec des options d'alternance efficaces.
Le système électoral est passé sous le contrôle du parti au pouvoir. Les élections suivantes se sont déroulées avec des règles et des institutions qui ont assuré la continuité du pouvoir d'Ortega.
Le vote de 2006 est donc resté une référence pour le Nicaragua. Il s'agissait d'une élection à laquelle différentes forces d'opposition ont participé avec leurs propres candidats, ont obtenu des résultats compétitifs et ont pu encore concourir pour la présidence aux urnes.