Les principales associations professionnelles de l'Équateur et de la Colombie ont averti que la progressivité des droits de douane entre les deux pays génère déjà des effets économiques et sociaux qui pourraient s'aggraver si les mesures ne sont pas suspendues et si un canal de dialogue politique immédiat n'est pas ouvert. Dans une déclaration commune du 2 mars, les dirigeants productifs des deux côtés de la frontière ont demandé d'annuler les augmentations réciproques de 50 % et ont averti qu'environ 300 000 emplois sont menacés, dans un contexte où le commerce binational enregistre une forte contraction.
Selon les représentants des entreprises, près de 7 600 importateurs équatoriens ont été touchés par une réduction d'environ 70 % des importations en provenance de Colombie, ce qui compromet environ 200 000 emplois en Équateur. Du côté colombien, l'impact atteindrait 2 700 entreprises et quelque 100 000 emplois liés aux échanges commerciaux avec le pays voisin. Les syndicats ont souligné que ces mesures rendent déjà les produits plus chers, ralentissent les opérations logistiques et augmentent le risque d'informalité et de contrebande à la frontière.
Cet avertissement intervient après que le gouvernement colombien a publié un projet de décret visant à augmenter les droits de douane sur les produits équatoriens de 30 à 50 %, augmentant également le nombre de sous-positions couvertes par la mesure, en réciprocité avec la décision adoptée par l'Équateur. Même si les hommes d'affaires ne prévoyaient pas de procès au niveau national ou international, ils ont insisté sur la nécessité de négociations urgentes pour éviter une nouvelle détérioration des échanges et de l'économie frontalière.

L’un des points les plus sensibles des effets est l’approvisionnement en matériel médical. L'Association équatorienne des distributeurs et importateurs de produits médicaux (Asedim) a averti que les droits de douane de 50 % menacent d'augmenter les prix et de restreindre l'accès aux appareils critiques, notamment ceux destinés aux traitements de dialyse. Selon le syndicat, environ 15 % des fournitures médicales importées par l'Équateur proviennent de Colombie, mais dans le cas spécifique de la dialyse, la dépendance est plus grande : entre 50 % et 60 % des fournitures nécessaires proviennent de ce pays.
En Équateur, plus de 20 000 patients sont régulièrement dialysés dans 136 centres médicaux : 105 privés et 31 publics, faisant de toute modification de l'offre un problème de santé publique. Asedim a averti que l'augmentation des tarifs pourrait aggraver la pénurie déjà existante et entraîner une augmentation des coûts des filtres, solutions, cathéters et autres fournitures essentielles pour ces traitements. À cette situation s’ajoutent les arriérés de paiement de l’État envers les prestataires de santé, que le syndicat estime à plusieurs dizaines de millions de dollars, ce qui met encore plus à rude épreuve la chaîne d’approvisionnement.
Le secteur avicole a également exprimé son inquiétude. La Corporation nationale des éleveurs de volailles de l'Équateur (Conave) a indiqué que près de 80 % du matériel génétique des volailles – reproducteurs, grand-mères et lignées génétiques pour la production de viande et d'œufs – provient de Colombie. Le tarif de 50 % pourrait être partiellement transféré sur le prix final du poulet et des œufs, produits de base du panier familial, avec un impact estimé à au moins 5 % sur le consommateur, selon le syndicat.

En outre, la filière avicole génère environ 300 000 emplois directs dans tout le pays, ce qui accroît la pression sur le gouvernement pour qu'il trouve une solution négociée, selon les rapports du Chèque Équateur.
Dans la zone frontalière, les transporteurs de poids lourds ont signalé une réduction allant jusqu'à 95 % du transport de marchandises vers la Colombie en février et ont organisé des manifestations pour exiger la suspension des tarifs douaniers. Selon le secteur, plus de 2.000 familles liées à la chaîne logistique dans la province de Carchi seraient affectées par la baisse de l'activité commerciale.